Trước ngày 6 tháng 8 năm 2018, Thủ trưởng Cơ quan Cảnh sát điều tra là Tổng cục trưởng Tổng cục Cảnh sát. Phó thủ trưởng thường trực Cơ quan Cảnh sát điều tra là một Tổng cục phó Tổng cục Cảnh sát. Bảy Phó thủ trưởng Cơ quan Cảnh sát điều tra là: một Tổng cục phó Tổng cục Cảnh sát phòng, chống tội phạm phụ trách Cơ quan đại diện Tổng cục Cảnh sát phòng, chống tội phạm tại thành phố Hồ Chí Minh, Chánh Văn phòng và một Phó chánh văn phòng Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an (phụ trách Cơ quan đại diện tại thành phố Hồ Chí Minh), Cục trưởng Cục Cảnh sát điều tra tội phạm về trật tự xã hội, Cục trưởng Cục Cảnh sát điều tra tội phạm về ma túy, Cục trưởng Cục Cảnh sát điều tra tội phạm về quản lý kinh tế và chức vụ, Cục trưởng Cục Cảnh sát điều tra tội phạm về tham nhũng.[1]

Từ sau ngày 6 tháng 8 năm 2018, Bộ Công an không còn tổ chức các Tổng cục. Vào ngày 10 tháng 8 năm 2018, chức danh Thủ trưởng Cơ quan Cảnh sát Điều tra Bộ Công an được Bộ trưởng Tô Lâm giao cho Thượng tướng, Thứ trưởng Thường trực Bộ Công an Lê Quý Vương.